Как защитить свои разговорыпароли от чужих глаз?
Для этого в сборке есть несколько плагинов: dbx_mmap_sa, OTR, BossKey+. Подробнее смотрите в разделе "Описание плагинов".
А нельзя ли сделать функцию, как, например, в ICQ 9.4a?
Зависит от наличия плагина, реализующего данную функцию. И от его работоспособности.
Можно подключаться сразу к нескольким аккаунтам?
На примере ICQ: для этого надо в папке с плагинами сделать копию ICQ.dll, но с другим именем. Например, будут "ICQ.dll" и "ICQ2.dll".
С Miranda 0.8 один плагин-протокол может поддерживать несколько аккаунтов.
Как сделать так, чтобы Миранда пряталась в трей по нажатию на крестик в углу списка контактов?
Только если отредактировать или сменить скин. Вообще, для скрытия существует специальная кнопка, а по кнопке "закрыть" программа должна закрываться, ИМХО.
В сборке не хватает плагина, который мне нравится
Вы можете сами добавить этот плагин после установки. Если этого плагина никогда не было в сборке, есть небольшая вероятность, что я о нем не знаю.