Как защитить свои разговорыпароли от чужих глаз?

Для этого в сборке есть несколько плагинов: dbx_mmap_sa, OTR, BossKey+. Подробнее смотрите в разделе "Описание плагинов".

А нельзя ли сделать функцию, как, например, в ICQ 9.4a?

Зависит от наличия плагина, реализующего данную функцию. И от его работоспособности.

Можно подключаться сразу к нескольким аккаунтам?

На примере ICQ: для этого надо в папке с плагинами сделать копию ICQ.dll, но с другим именем. Например, будут "ICQ.dll" и "ICQ2.dll".
С Miranda 0.8 один плагин-протокол может поддерживать несколько аккаунтов.

Как сделать так, чтобы Миранда пряталась в трей по нажатию на крестик в углу списка контактов?

Только если отредактировать или сменить скин. Вообще, для скрытия существует специальная кнопка, а по кнопке "закрыть" программа должна закрываться, ИМХО.

В сборке не хватает плагина, который мне нравится

Вы можете сами добавить этот плагин после установки. Если этого плагина никогда не было в сборке, есть небольшая вероятность, что я о нем не знаю.